W kazaniu Benedykt XVI przestrzegł współbraci i synów duchowych świętego, duchownych i świeckich, przed „niebezpieczeństwem aktywizmu i sekularyzacji”, gdy w natłoku zajęć, związanych z przyjmowaniem pielgrzymów czy opieką nad chorymi, mogą „zaniedbać to, co jest naprawdę niezbędne: słuchania Chrystusa, ażeby wypełniać wolę Boga”. „Kiedy dostrzeżecie, że bliscy jesteście tego niebezpieczeństwa, popatrzcie na Ojca Pio: na jego przykład, jego cierpienia; i wzywajcie jego wstawiennictwa, aby
wyjednał wam u Pana światło i siłę, kutych potrzebujecie, by kontynuować jego misję” - powiedział Benedykt XVI, prosząc świętego, by i z nieba „pełnił swe znakomite duchowe ojcostwo, które wyróżniało go podczas ziemskiej egzystencji; niech nadal towarzyszy swoim współbraciom, swoim synom duchowym i całemu dziełu, które zapoczątkował”.
Nawiązując do dzisiejszej Ewangelii Benedykt XVI przypomniał zdumienie uczniów, widzących, że Jezus śpi spokojnie w czasie burzy na jeziorze: “Kim właściwie On jest, że nawet wicher i jezioro są Mu posłuszne?” (Mk 4, 41), po czym dodał, że spokój ten opuścił Jezusa „w Getsemani, przed aresztowaniem, a potem podczas całej męki, aż do śmierci na krzyżu”. „W owej godzinie Jezus z jednej strony był jednym z Ojcem, w pełni zdając się na Niego; z drugiej, solidaryzując się z grzesznikami, był niejako odseparowany i czuł się, jakby Go Ojciec opuścił. Niektórzy Święci przeżyli to doświadczenie Jezusa w sposób intensywny i osobisty. Ojciec Pio z Pietrelciny jest jednym z nich. Człowiek prosty, pochodzący z nizin, ‘zdobyty przez Chrystusa’ (Flp 3,12) – jak pisze o sobie apostoł Paweł – by uczynić zeń wybrane narzędzie wiecznej mocy swego Krzyża: mocy miłości do dusz, przebaczenia i pojednania, duchowego ojcostwa, czynnej solidarności z cierpiącymi. Stygmaty, które naznaczyły jego ciało, połączyły go z Ukrzyżowanym-Zmartwychwstałym” - mówił papież.
Ojciec Święty wskazał, że powtarzając za św. Franciszkiem słowa Listów św. Pawła: „Razem z Chrystusem zostałem przybity do krzyża. Teraz zaś już nie ja żyję, lecz żyje we mnie Chrystus” (Gal 2, 20), św. Ojciec Pio nie był „wyalienowany”, ani nie utracił własnej osobowości”.
Benedykt XVI podkreślił, że „Bóg nie anuluje nigdy tego, co ludzkie, lecz przemienia je za sprawą swego Ducha i kieruje na służbę swego planu zbawienia”. „Ojciec Pio zachował swe naturalne dary, a nawet własny temperament, lecz każdą rzecz ofiarował Bogu, który mógł się nim posługiwać, by kontynuować dzieło Chrystusa: głosić Ewangelię, odpuszczać grzechy i uzdrawiać chorych na ciele i na duszy” – przypomniał papież i dodał: „Tak jak JezusOjciec Pio decydująca walkę stoczył nie z ziemskimi nieprzyjaciółmi, lecz z duchem zła (por. Ef 6, 12). “Największe ‘burze’, jakie mu groziły, były atakami diabła, przed którymi broniła go ‘zbroja Boża’, ’tarcza wiary’ i ‘miecz Ducha, to jest słowo Boże’ (por. Ef 6,11.16.17)”.
Zwracając się do ojców kapucynów, członków grup modlitwy oraz wszystkich wiernych z San Giovanni Rotondo, Benedykt XVI przypomniał, że są oni “spadkobiercami Ojca Pio, a dziedzictwem, jakie im pozostawił jest świętość”. „Ojciec Pio pociągał na drogę świętości swoim własnym świadectwem, dając przykład, że ‘torem’, który do niej wiedzie, są modlitwa i miłość” - dodał papież.
„Miłość, którą nosił w sercu i przekazywał innym, była pełna czułości, wyczulona na realną sytuację osób i rodzin. Szczególnie wobec chorych i cierpiących żywił upodobanie Serca Chrystusa, stąd właśnie wzięło początek i kształt wielkie dzieło dedykowanie ‘uldze w cierpieniu’. Nie można zrozumieć ani właściwie zinterpretować tej instytucji, jeśli oddziela się ją od jej inspirującego źródła, którym jest miłość ewangeliczna, ożywiana modlitwą” - powiedział Benedykt XVI.
Ze względu na złą pogodę papież przybył do San Giovanni Rotondo nie jak wcześniej zapowiadano helikopterem lecz samolotem wojskowym, który wylądował na lotnisku w Foggii. Do miasta przyjechał samochodem. Papieża powitał arcybiskup Domenico Umberto D'Ambrosio, metropolita Lecce oraz przedstawiciele władz miejscowych i państwowych. Na ulicach miasta papieża serdecznie witały rzesze pielgrzymów.
Benedykt XVI udał się papamobile do sanktuarium św. Ojca Pio. W klasztorze powitali go kapucyni, gospodarze sanktuarium. Tam Ojciec Święty odwiedził celę, gdzie mieszkał święty stygmatyk. Potem udał się kościoła Matki Bożej Łaskawej. Tam w krypcie świątyni Benedykt XVI dłuższą chwilę modlił się przy sarkofagu ze szczątkami świętego, zapalił lampę, potem zakonnicy pokazali mu szklaną urnę z fragmentami serca Ojca Pio.